Dans les zones sensibles (aires marines protégées, zones fonctionnelles halieutiques, etc.), des mesures sont prises par les autorités de gestion pour limiter l’impact des activités de pêche sur les milieux naturels en respect des directives européennes environnementales.

Par exemple, dans le golfe de Gascogne, pour réduire les captures accidentelles de cétacés, en concertation avec les professionnels, l’obligation d’équipement en dispositifs acoustiques répulsifs a été étendue à tous les chalutiers en interaction avec les cétacés durant toute l’année, après des tests scientifiques et un premier équipement des chalutiers pélagiques depuis le 1er janvier 2020.

L’interdiction de la pêche au-delà d’une profondeur de 800 mètres fait l’objet d’un suivi par le Centre national de surveillance des pêches (alarmes automatiques en cas d’activité dans une zone de pêche interdite). Par ailleurs, suivant le règlement (UE) 2336/2016, les activités de pêche ciblant les espèces d’eau profonde font l’objet d’une autorisation de pêche, qui détaille les espèces que le navire est autorisé à cibler. Les débarquements de ces espèces sont effectués dans des ports désignés, permettant ainsi d’orienter et de mieux cibler les contrôles.