Réseau européen Natura 2000

Natura 2000, qu’est-ce que c’est ?

Le réseau Natura 2000, constitué d’un ensemble de sites naturels, terrestres et marins, vise à assurer la survie à long terme des espèces et des habitats particulièrement menacés, à forts enjeux de conservation en Europe. L’objectif de la démarche européenne, fondée sur les directives Oiseaux et Habitats faune flore, est double :

• la préservation de la diversité biologique et du patrimoine naturel : le maintien ou le rétablissement du bon état de conservation des habitats et des espèces s’appuie sur le développement de leur connaissance ainsi que sur la mise en place de mesures de gestion au sein d’aires géographiques spécialement identifiées, les sites Natura 2000. Le maillage de sites s’étend sur tout le territoire de l’Union européenne pour une politique cohérente de préservation des espèces et des habitats naturels ;
• la prise en compte des exigences économiques, sociales et culturelles, ainsi que des particularités régionales : les projets d’aménagements ou les activités humaines ne sont pas exclus dans les sites Natura 2000, sous réserve qu’ils soient compatibles avec les objectifs de conservation des habitats et des espèces qui ont justifié la désignation des sites.

La France s’est attachée à valoriser le patrimoine naturel des territoires en encourageant la prise de conscience collective des enjeux écologiques dans les gouvernances des territoires. Il s’agit notamment d’articuler les différentes politiques et dispositifs de gestion des territoires en tenant compte du rôle et de la responsabilité des acteurs, à travers des actions de concertation ou de partenariat. La sensibilisation et l’éducation du grand public aux enjeux de la biodiversité tient une place essentielle. La dynamique d’un tel réseau nécessite une animation soutenue des réseaux d’acteurs, favorisant les échanges et les bonnes pratiques.  

Natura 2000 en quelques chiffres

Natura 2000 en Europe

Le réseau de sites européens représente :

• Près de 27 000 sites répartis dans 27 pays ; 
• 18,5 % de la surface terrestre du territoire de l’Union européenne ;
• 8,9 % de la surface marine des eaux européennes ;
• 5 397 zones de protection spéciale pour les oiseaux (ZPS) ;
• 23 567 zones spéciales de conservation pour les habitats et les espèces (ZSC).

La directive Habitats faune flore répertorie :

• 231 types d’habitats naturels ;
• 1 563 espèces animales (536 espèces identifiées à l’annexe II de la directive) ;
• 966 espèces végétales (658 espèces identifiées à l’annexe II de la directive).

La directive Oiseaux vise 617 espèces d’oiseaux.

Natura 2000 en France

Le réseau de sites français représente :

• 13 % de la surface terrestre métropolitaine, soit 7 millions d’hectares ;
• 35,7 % de la surface marine de la zone économique exclusive, soit 13 261 016 hectares ;
• 1 756 sites, dont 221 sites marins et mixtes (67 uniquement marins) : 403 zones de protection spéciales pour les oiseaux (ZPS) et 1 353 zones spéciales de conservation (ZSC) ;
• 13 041 communes supports du réseau ;
• 132 types d’habitats naturels d’intérêt communautaire (57 % des habitats naturels européens) ;
• 102 espèces animales identifiées à l’annexe II de la directive Habitats faune flore (20 % des espèces annexe II) ;
• 63 espèces végétales identifiées à l’annexe II de la directive Habitats faune flore (10 % des espèces annexe II) ;
• 123 espèces d’oiseaux identifiées à l’annexe I de la directive Oiseaux (62 % des espèces annexe I).

Le réseau terrestre se répartit sur les milieux suivants :

• 43 % de forêts ;
• 29 % de prairies et landes ;
• 20 % de zones agricoles cultivées ;
• 4% d'habitats rocheux (roches nues, plages, dunes…);
• 3 % de cours d'eau, tourbières et marais ;
• 1 % de zones urbaines.

La gestion quotidienne des sites repose sur des mesures concrètes appelées contrats Natura 2000, mises en œuvre sur la base de documents d’objectifs (DOCOB). La quasi-totalité des documents d’objectifs ont été adoptés ou sont en cours de rédaction. Les contrats agricoles (appelés également mesures agro-environnementales) sont réservés aux agriculteurs. Les autres contrats Natura 2000 sont mis en œuvre par les acteurs suivants :

• 44 % par des collectivités territoriales ;
• 28 % par des associations ;
• 16 % par des particuliers ;
• 9 % établissements publics ;
• 3 % par des entreprises .

Sur la période 2007-2013, le budget annuel moyen consacré à la gestion et à l’animation des sites français a été de 150 millions d’euros. Il a été soutenu par des fonds nationaux tels que des crédits de l’État (ministère chargé de l’agriculture et ministère chargé de l’environnement) ou des agences de l’eau (60 %) et des fonds européens (40 %).

Sources : Commission européenne - baromètre Natura 2000 (fév. 2022) / ministère de la Transition écologique et Muséum national d'histoire naturelle (décembre 2021).

Fondements juridiques de la politique Natura 2000

Bases juridiques communes aux États membres

Depuis le sommet de Rio en 1992, l’Union européenne s’est engagée à enrayer la perte de la biodiversité sur ses territoires en créant un réseau de sites écologiques nommé Natura 2000. Avec plus de 23 700 sites terrestres et marins, il s’agit du plus vaste réseau de sites protégés au monde.

Ce réseau est fondé sur la mise en application de deux directives européennes :

• la directive Oiseaux 2009/147/CE du 30 novembre 2009 (qui a recodifié la directive initiale du 2 avril 1979) a pour objet la conservation de toutes les espèces d’oiseaux sauvages et définit les règles encadrant leur protection, leur gestion et leur régulation. Elle s’applique aux oiseaux ainsi qu’à leurs œufs, à leurs nids et à leurs habitats. Certaines espèces nécessitant une attention particulière afin d’assurer leur survie, précisées à l’annexe I, font l’objet de mesures spéciales concernant leur habitat. Ces espèces, ainsi que les espèces migratrices dont la venue est régulière, sont protégées dans des sites Natura 2000 dits zones de protection spéciale (ZPS) ;
• la directive Habitats faune flore 92/43/CEE du 21 mai 1992 a pour objet la conservation des habitats naturels et de la faune et de la flore sauvages. Les annexes I et II de cette directive listent les types d’habitats naturels et les espèces animales et végétales dont la conservation nécessite la désignation de sites Natura 2000 dits zones spéciales de conservation (ZSC). Certains habitats ou certaines espèces dits prioritaires sont identifiés comme en danger de disparition et répondent à des règles particulières. La directive établit un cadre pour les actions communautaires de conservation de ces espèces et habitats en cherchant à concilier les dimensions scientifiques qui fondent les délimitations des sites avec les exigences économiques, sociales et culturelles des territoires.

Les espèces et habitats naturels qui nécessitent, sur la base de ces deux directives, la désignation de zones de protection spéciale ou de zones spéciales de conservation sont dites d’intérêt communautaire, car représentatives de la biodiversité européenne.

Ces deux directives imposent à chaque État membre d’identifier sur son territoire ces deux types de sites d’intérêt communautaire. Une fois désignés, ces sites font partie intégrante du réseau Natura 2000 et doivent être gérés de façon à garantir la préservation à long terme des espèces et des habitats qui justifient leur désignation.

La démarche française : concertation, volontariat et contractualisation

Le code de l’environnement consacre une section particulière aux sites Natura 2000 dans laquelle il fixe le cadre général de leur désignation et de leur gestion (articles L. 414.1 à L. 414.7 et R. 414-1 à R. 414-29).

Une approche concertée

Afin que les partenaires s’approprient les enjeux du dispositif Natura 2000, et à travers ceux-ci les grands enjeux de la biodiversité et du développement durable, la réglementation française favorise la concertation : élus, agriculteurs, forestiers, chasseurs, pêcheurs, propriétaires terriens, associations, usagers et experts sont associés à la gestion de chaque site. La participation active de l’ensemble des acteurs locaux et le dialogue au sein des comités de pilotage (COPIL) des sites Natura 2000 permettent à chacun de s’approprier les enjeux de conservation du patrimoine naturel et les enjeux socio-économiques du territoire, de contribuer à la définition des objectifs et de construire une gestion de la nature fondée sur les connaissances des acteurs du territoire.

Une gestion contractuelle et volontaire

Outre la concertation, la France a fait le choix d’une gestion contractuelle et volontaire des sites en offrant la possibilité à des particuliers détenteurs de droits réels sur les espaces concernés de s’investir dans leur gestion par la signature de contrats et de chartes Natura 2000.

Cette politique ambitieuse de la France vise le développement d’une gouvernance locale et encourage une adhésion effective des citoyens aux objectifs de Natura 2000. Dans le cadre de cette politique contractuelle, le COPIL joue un rôle important dans la planification des actions de gestion du site. Ses réunions régulières permettent de mettre en perspective les actions de conservation de la biodiversité à mener dans un contexte de valorisation des territoires.

Cette politique contractuelle et concertée s’applique en parallèle du dispositif réglementaire d’évaluation des incidences Natura 2000, prévu par la directive Habitats faune flore et le code de l’environnement. La combinaison des outils contractuels et réglementaires favorise l’investissement de chacun pour un cadre d’intervention cohérent.

Fondement et suivi scientifiques du réseau Natura 2000

La création du réseau

Sur la base d’inventaires et d’études scientifiques, l’Union européenne a identifié sur son territoire les espèces animales et végétales ainsi que les habitats (milieux) « en danger de disparition », « vulnérables », « rares » ou « endémiques ». Définis comme étant d’intérêt communautaire, ces espèces et habitats bénéficient de mesures de conservation au titre de Natura 2000 et font l’objet de listes exhaustives annexées aux directives européennes.

Qu’est-ce qu’un habitat naturel d’intérêt communautaire (annexe I de la directive Habitats faune flore) ?

Un habitat naturel est une zone terrestre ou aquatique qui se distingue par ses caractéristiques géographiques, abiotiques et biotiques, qu’elle soit naturelle ou semi-naturelle. Un habitat naturel d’intérêt communautaire est un habitat naturel qui répond au moins à l’une des caractéristiques suivantes :

• est en danger de disparition dans son aire de répartition naturelle ;
• a une aire de répartition naturelle réduite par suite de sa régression ou en raison de son aire intrinsèquement restreinte ;
• constitue un exemple remarquable de caractéristiques propres à l’une ou plusieurs des 9 régions biogéographiques.

Qu’est-ce qu’une espèce d’intérêt communautaire (annexe II de la directive Habitats faune flore et annexe I de la directive Oiseaux) ?

Une espèce d’intérêt communautaire est une espèce animale ou végétale qui répond au moins à l’une des caractéristiques suivantes :

• est en danger, excepté le cas des espèces dont l’aire de répartition naturelle s’étend de manière marginale sur le territoire européen et qui ne sont ni en danger ni vulnérables dans l'aire du paléarctique occidental ;
• est vulnérable, c’est-à-dire dont le passage dans la catégorie des espèces en danger est jugé probable dans un avenir proche en cas de persistance des facteurs qui causent la menace ;
• est rare, c’est-à-dire dont les populations sont de petite taille et qui, bien qu’elle ne soit pas actuellement en danger ou vulnérable, risque de le devenir. Ces espèces sont localisées dans des aires géographiques restreintes ou éparpillées sur une plus vaste superficie ;
• est endémique et requière une attention particulière en raison de la spécificité de son habitat ou des incidences potentielles de son exploitation sur son état de conservation.

La conservation de ces espèces implique également la préservation de leurs lieux de vie correspondant à l’habitat d’espèce.

La désignation des sites Natura 2000

Connaître le patrimoine naturel : les inventaires initiaux en France

Depuis 1979, à la demande du ministère chargé de l’Environnement, le Muséum national d’histoire naturelle (MNHN) collecte et concentre des données sur la faune et la flore. Les observations sont transmises par l’ensemble du réseau naturaliste : Office national des forêts (ONF), Office français de la biodiversité, Office national de l’eau et des milieux aquatiques (ONEMA), Réserves naturelles de France (RNF), conservatoires des espaces naturels, associations d’études et de protection de la nature et conservatoires botaniques nationaux. Ces observations ont permis de recenser les zones naturelles d’intérêt écologique, faunistique et floristique (ZNIEFF) sur lesquelles s’appuie la désignation des sites zones spéciales de conservation (ZSC).

La France s’est aussi appuyée sur un inventaire scientifique initié dès les années 1980 afin de mettre en œuvre la directive Oiseaux du 2 avril 1979. La Ligue pour la protection des oiseaux (LPO) a listé, pour le compte du ministère chargé de l’environnement, les zones d’importance pour la conservation des oiseaux (ZICO, hébergeant des espèces d’intérêt communautaire) sur le territoire français. Ce travail d’inventaire scientifique a préfiguré la désignation des zones de protection spéciale (ZPS).

Pour répondre aux exigences de la Commission européenne lors de la construction du réseau Natura 2000 en mer, l’ex-Agence des aires marines protégées, intégrée à l’Agence française pour la biodiversité devenue en 2020 l'Office français de la biodiversité, aidée d’experts scientifiques, a également réalisé en 2008 un bilan des connaissances sur le milieu marin. Grâce aux travaux coordonnés de l’Agence, du Muséum et de structures associatives, la France a ciblé les secteurs pertinents pour son réseau marin.

Définir le périmètre des sites Natura 2000 : critères de sélection des territoires à préserver

Deux procédures distinctes de désignation des sites ont été mises en place, l’une pour la sélection des sites Oiseaux correspondant aux zones de protection spéciale (ZPS), l’autre pour la sélection des sites Habitats naturels et autres espèces correspondant aux zones spéciales de conservation (ZSC). Un élément commun les unit pour le choix des zones et la définition de leurs périmètres : l’analyse du territoire sur la base de critères scientifiques.

L’annexe III de la directive Habitats fixe les principaux critères de sélection :

• pour les habitats naturels ou semi-naturels, il s’agit essentiellement de la représentativité de l’habitat dans le site, de sa surface et de son état de conservation. Il faut aussi parfois considérer certaines spécificités des milieux, comme celles des milieux marins présentant une colonne d’eau importante ;
• pour les espèces animales et végétales, il s’agit essentiellement de l’importance des populations présentes dans le site par rapport aux populations évaluées sur le territoire national. Le degré de conservation de l’habitat et sa fonctionnalité (aire de repos, de reproduction, d’alimentation, d’hivernage, d’estivage) entre aussi en jeu.

Lorsqu’il s’agit d’espèces mobiles comme les oiseaux migrateurs, les mammifères marins ou les poissons, l’identification et le choix des sites sont plus complexes. Les représentants des États membres s’efforcent alors de prendre en compte les lieux présentant des facteurs essentiels à la survie et à la reproduction de ces espèces.

Chaque pays établit ainsi des listes de propositions de sites pour chaque type d’habitat naturel et pour chaque type d’espèce. La Commission européenne, assistée d’experts scientifiques, les examine ensuite par zone biogéographique.

Les informations scientifiques relatives à chaque site Natura 2000 français sont présentes dans les formulaires standard de données disponibles sur le site de l’Inventaire national du patrimoine naturel (INPN).

Procéder à la désignation des sites Natura 2000

Des propositions de sites (ZPS ou ZSC) sont tout d’abord établies. Elles sont soumises par les préfets à la consultation des organes délibérants des communes et des établissements publics de coopération intercommunale (EPCI) concernés, ainsi qu’aux autorités militaires dans le cas des sites incluant des terrains militaires ou des surfaces marines.

Les conseils municipaux et les établissements publics de coopération intercommunale (EPCI) sont tenus d’émettre un avis motivé dans le délai de deux mois à compter de leur saisine. À défaut, ils sont réputés avoir émis un avis favorable. Les dossiers de propositions sont ensuite transmis au ministre en charge de l’Environnement, le cas échéant au ministre de la Défense. Les propositions de sites finalement retenues par le ministère en charge de l’Environnement font, enfin, l’objet d’une consultation interministérielle.

À l’issue de ces consultations, la suite de la procédure de désignation diffère selon les directives :

• les zones de protection spéciale (ZPS) sont d’abord désignées en droit national par arrêté ministériel (ministre chargé de l’Environnement, le cas échéant ministre de la Défense). L’arrêté est publié au Journal officiel de la République français puis notifié à la Commission européenne ;
• les zones spéciales de conservation (ZSC) font au préalable l’objet de propositions de sites d’importance communautaire (pSIC) soumises à la validation de la Commission européenne. À l’issue de l’évaluation communautaire (délai d’environ 15 mois), ces propositions sont inscrites sur l’une des listes biogéographiques des sites d’importance communautaire (SIC) publiées au Journal officiel de l’Union européenne. C'est seulement après la parution de cette liste que les États membres peuvent et doivent désigner les sites d’intérêt communautaire (SIC) en droit national, sous le statut de ZSC.

Évaluation de l’état de conservation des sites

Principes de l’évaluation et résultats

À partir des propositions de sites d’intérêt communautaire et des désignations de ZPS transmises par les États membres, ainsi que des rapports qu’ils établissent tous les 6 ans sur l’état de leur réseau, la Commission européenne évalue, habitat par habitat et espèce par espèce, la suffisance, la cohérence et l’équilibre du réseau Natura 2000. Cet examen s’effectue par région biogéographique sur la base de critères scientifiques et avec le concours du Centre thématique européen pour la diversité biologique de l'Agence européenne pour l'environnement (CTE/DB – consortium hébergé par le Muséum national d’histoire naturelle jusqu’en 2018). L’état du réseau est alors qualifié avec les termes suivants : suffisant, insuffisance mineure, modérée ou majeure, réserve scientifique (c’est-à-dire données scientifiques insuffisantes pour désigner des sites). Dans le cas où le réseau est jugé insuffisant pour une espèce ou un habitat, les États membres doivent établir des propositions complémentaires.

En France, la désignation pour la partie terrestre est considérée comme achevée. Le réseau terrestre est jugé suffisant même si certains compléments sont à apporter par modification ou extension de périmètres de sites, voire de création de nouveaux sites. Concernant le milieu marin, des travaux sont actuellement engagés pour étendre le réseau au-delà de la mer territoriale.

Extension du réseau Natura 2000 en mer

Afin de préserver la biodiversité marine, encore peu connue et évaluée, et d’améliorer la protection des espèces et habitats marins identifiés dans les directives européennes et présentes au large des côtes, la Commission européenne a demandé à plusieurs États membres, dont la France, de désigner de nouveaux sites au-delà de la mer territoriale. En France, ces sites supplémentaires doivent cibler prioritairement le grand dauphin, le marsouin commun, les récifs et plusieurs espèces d’oiseaux marins.

Des programmes d’acquisition de connaissances (PACOMM pour les oiseaux et les mammifères marins ; MEDSEACAN pour les canyons en Méditerranée), financés par le ministère en charge de l’Environnement, ont été mis en œuvre par l’Agence française pour la biodiversité en lien avec le Muséum national d’histoire naturelle et les autres experts scientifiques nationaux pour permettre à la France de définir les périmètres d’extension de son réseau marin. L’exploitation de ces données a notamment abouti à l’identification de grands secteurs d’importance pour la conservation des habitats (récifs), oiseaux et mammifères marins. À l’intérieur de ces zones, l’examen plus détaillé des données scientifiques, la consultation des acteurs du réseau (notamment ceux des façades maritimes) et l’évaluation de la cohérence et de la suffisance des modifications apportées au réseau doivent aboutir à la formulation de propositions de sites qui seront notifiés à la Commission européenne dès la fin 2017.

Gestion des sites Natura 2000 en France  : animation et outils

La gestion des sites est fondée sur des instances de concertation et la participation large des acteurs du terrain. Cette approche a pour objectif de prendre en compte l’ensemble des aspirations des parties prenantes, qu’elles soient écologiques, économiques, culturelles ou sociales. Elle permet d’envisager les solutions et mesures concrètes à mettre en œuvre pour réaliser les objectifs qui doivent concourir au maintien ou à l’amélioration de l’état de conservation des habitats naturels et des espèces pour lesquels le site a été désigné.

Pour le réseau des sites majoritairement terrestres, le MTES a rédigé un guide concernant la gestion des sites (installation des COPIL, élaboration des documents d’objectifs (DOCOB) et mise en œuvre (chartes, contrats)). Il est destiné aux acteurs du réseau Natura 2000 : élus, animateurs, services de l’Etat, autorités de gestion des fonds européens.

Gouvernance des sites Natura 2000

Le comité de pilotage

Constitué au moment de la création du site Natura 2000, le comité de pilotage (COPIL) est un organe officiel de concertation et de débat. Il a notamment pour charge d’élaborer le document d’objectifs (DOCOB) servant à la gestion du site. Ainsi, à chaque site correspond un COPIL et un DOCOB.

La composition des COPIL est réglementée par le code de l’environnement, Toutefois le nombre de ses membres n’est pas défini et laissé au choix de l’autorité compétente (préfet départemental, maritime ou coordonnateur) en fonction des caractéristiques de chaque site. Selon le type de site (terrestre, marin ou mixte, intégrant ou non des terrains militaires, des parties de parc national...), le COPIL est constitué de membres pouvant être différents au regard des spécificités de chaque site.

Une collectivité territoriale ou un groupement de collectivités territoriales est désigné au sein du COPIL pour assurer le suivi des tâches administratives, techniques et financières nécessaires à l’élaboration et à la mise en œuvre du DOCOB. Cette collectivité territoriale peut assumer ces tâches en régie ou faire appel à un organisme tiers alors appelé opérateur. À défaut de candidature d’une collectivité membre du COPIL, ces missions sont assurées par L’État.

L’animateur de site

La mise en œuvre effective du document d’objectifs d’un site Natura 2000 est assurée par un animateur de site. Cet intervenant peut être un employé de l’organisme chargé du suivi de la mise en œuvre du document d’objectifs (structure porteuse) ou un prestataire qui agit pour son compte.

Le rôle de l’animateur consiste à faire vivre le site en favorisant les projets durables de territoire, en utilisant les outils propres à Natura 2000 (contrats et chartes Natura 2000) et en informant et sensibilisant les socio-professionnels sur la manière d’atteindre les objectifs définis dans le document d’objectifs.

Conformément à la concertation ayant présidé à l’élaboration du document d’objectifs, l’animateur accompagne les acteurs locaux pour favoriser un développement harmonieux de leur territoire et valoriser la richesse d’un patrimoine unique.

Adhérer à une charte ou souscrire à un contrat Natura 2000

Tous les renseignements concernant les contrats et chartes peuvent être obtenus auprès de la direction région de l’environnement, de l’aménagement et du logement ou de la direction départementale des territoires compétentes sur le territoire de localisation du site Natura 2000.

Évaluations d’incidences Natura 2000

Les principes des évaluations d’incidence

La démarche Natura 2000 n’exclut pas la mise en œuvre de projets d’aménagements ou la réalisation d’activités humaines dans les sites Natura 2000, sous réserve qu’ils soient compatibles avec les objectifs de conservation des habitats et des espèces qui ont justifié la désignation des sites. L’outil de prévention qu’est l’évaluation des incidences, réglementée par le code de l’environnement par transposition de la directive Habitat faune flore vise à assurer l’équilibre entre préservation de la biodiversité et activités humaines.

L’évaluation des incidences a pour but de déterminer si le projet peut avoir un impact significatif sur les habitats, les espèces végétales et les espèces animales ayant justifié la désignation du site Natura 2000. Si tel est le cas, l’autorité décisionnaire doit s’opposer au projet (sauf projet d’intérêt public majeur et sous certaines conditions décrites ci-après). Seuls les projets qui n’ont pas d’impact significatif peuvent être autorisés.

Les activités soumises à évaluation d’incidences

Le dispositif d’évaluation des incidences Natura 2000 repose principalement sur des listes d’activités, nationales et locales, susceptibles d’avoir un impact significatif sur un site Natura 2000. Chaque porteur de projet peut ainsi savoir s’il est ou non concerné par l’évaluation des incidences Natura 2000.

Le dispositif est en outre complété par une clause dite de sauvegarde (code l’environnement – art. L.414-4 IV bis) qui permet à l’autorité administrative de soumettre à évaluation des incidences tout plan, projet ou manifestation qui ne figurerait pas sur une liste mais qui serait tout de même susceptible de porter atteinte aux objectifs de conservation d’un ou plusieurs sites Natura 2000. Le recours à cette disposition filet revêt un caractère exceptionnel.

La liste nationale d’activités

Cette liste (art. R.414-19 code de l’environnement) comporte 29 items et couvre divers types de projets : documents de planification, programmes ou projets de travaux, manifestations ou interventions dans le milieu naturel, etc. Sauf mention contraire, les activités figurant dans la liste nationale sont soumises à l’obligation d’évaluation des incidences Natura 2000, que le territoire qu’elles couvrent ou que leur localisation géographique soient situés ou non dans le périmètre d’un site Natura 2000.

Les listes locales arrêtées par le préfet de département ou le préfet maritime

Issues d’une large concertation, les listes locales ont vocation à tenir compte, au plan local, des enjeux particuliers de chaque site Natura 2000 d’un département. C’est la raison pour laquelle les préfets, dans le cadre de l’élaboration des listes locales, peuvent définir un champ d’application géographique de ces listes (tout ou partie d’un département, d’un site Natura 2000, de la façade maritime). Les listes locales sont donc différentes dans chaque département et pour chaque façade maritime.

Il existe deux catégories de listes locales :

• les listes locales 1 : les activités figurant sur ces listes sont encadrées (autorisation, approbation, déclaration) et viennent en complément de celles figurant sur la liste nationale ;
• les listes locales 2 : ces listes concernent des activités qui jusqu’alors ne nécessitaient aucune formalité administrative. Cela signifie qu’un régime d’autorisation administrative propre à Natura 2000 est institué pour les activités y figurant. Ces listes sont constituées à partir d’une liste nationale de référence établie à l’article R. 414-27 du code de l’environnement.

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Spécificité des activités de pêche maritime

Du fait de leur spécificité, l’article L.414-4 du code de l’environnement prévoit que les activités de pêche professionnelle sont dispensées d’évaluations d’incidences Natura 2000 dès lors qu’elles font l’objet d’une analyse de risque de porter atteinte aux objectifs de conservation du site Natura 2000, réalisée à l’échelle des flottilles de pêche et non du porteur de projet (ie de l’armateur). Ces analyses sont réalisées lors de l’élaboration ou de la révision des DOCOB des sites Natura 2000 où s’exercent ces activités de pêche.

Si un risque de porter atteinte aux objectifs de conservation du site est identifié à l’issue de l’analyse, les activités de pêche concernées doivent faire l’objet de mesures réglementaires afin de réduire la pression de l’activité sur l’habitat ou l’espèce concerné.
Un guide technique fournit le cadre de mise en œuvre de ces analyses au sein des sites Natura 2000.

Le dépôt d’un dossier d’évaluation des incidences : modalités de dépôt et d’instruction

Contenu du dossier d’évaluation des incidences

Localisation et description du projet

• une description du projet ;
• une carte de situation figurant le projet et le périmètre du ou des sites Natura 2000 susceptibles d’être concernés ;
• un plan détaillé des aménagements, dans le cas d’une activité ou d’un projet localisé à l’intérieur du périmètre d’un ou plusieurs sites Natura 2000.

Évaluation préliminaire

Il s’agit d’un exposé sommaire mais argumenté des raisons pour lesquelles le projet est ou non susceptible d’avoir des incidences sur un ou plusieurs sites Natura 2000.

S’il peut être démontré à ce stade que le projet n’a aucune incidence sur un ou plusieurs sites Natura 2000, l’évaluation des incidences est achevée sous réserve de validation par l’autorité administrative compétente. Le dossier est dit simplifié. En revanche, s’il est constaté que l’activité ou le projet est susceptible d’affecter un site ou plusieurs sites Natura 2000, l’évaluation des incidences doit être approfondie et les éléments ci-après fournis.

Analyse des incidences

S’il apparaît en réalisant l’évaluation préliminaire que le projet génère des incidences sur un ou plusieurs sites Natura 2000, leur analyse détaillée sera ajoutée au dossier d’évaluation. Il s’agit d’examiner leurs effets permanents et temporaires, directs et indirects, et cumulés avec ceux d’autres activités portées par le porteur de projet. Pour cette analyse, et pour la suite de la procédure, le recours à un bureau d’études spécialiste est conseillé.

Si cette analyse démontre l’absence d’atteinte aux objectifs de conservation du ou des sites concernés, l’évaluation est achevée sous réserve de validation par l’autorité administrative compétente. Dans le cas contraire, des mesures de suppression ou de réduction des incidences doivent être envisagées.

Mesures de suppression et de réduction des incidences

Si un doute persiste sur l’absence d’atteinte aux objectifs de conservation, il convient d’intégrer des mesures de correction pour supprimer ou atténuer les effets de l’activité ou du projet. Ces mesures peuvent être de plusieurs ordres : réduction de l’envergure du projet, précaution pendant la phase de travaux, techniques alternatives, etc.

Si les mesures envisagées permettent de conclure à l’absence d’atteinte aux objectifs de conservation d’un ou plusieurs sites Natura 2000, l’évaluation des incidences est achevée sous réserve de validation par l’autorité administrative compétente. Dans le cas contraire, l’activité ou le projet doit être abandonné ou une procédure dérogatoire engagée.

Procédure dérogatoire

Dans le cas où les mesures de suppression et de réduction ne permettraient pas d’effacer les effets significatifs générés par l’activité ou le projet, le porteur de projet peut engager une procédure dérogatoire. Il doit alors joindre à son dossier :

une analyse des solutions alternatives à celle retenue et les raisons pour lesquelles elles ne peuvent être mises en œuvre ;

un argumentaire permettant de démontrer les raisons impératives d’intérêt public majeur conduisant à la nécessité d’adopter le projet ;

la proposition des mesures qui permettront de compenser les atteintes significatives aux objectifs de conservation des sites Natura 2000.

Dépôt et instruction du dossier d’évaluation des incidences

L’instruction du dossier dépend du régime administratif de l’activité ou du projet concerné :

• si la demande fait l’objet d’un encadrement administratif (autorisation, approbation, déclaration), le dossier d’incidences Natura 2000 est intégré à la demande d’autorisation ou à la déclaration administrative. Le dossier complet doit alors être déposé auprès du service en charge de la procédure ;
• si l’activité soumise à évaluation des incidences n’est pas encadrée administrativement (régime d’autorisation propre à Natura 2000 des projets des listes locales 2), la demande devra être déposée et sera instruite par les services du préfet qui a inscrit l’activité ou le projet sur la liste départementale (préfet de département ou préfet maritime).

Afin de faciliter la tâche du porteur de projet, des directions régionales de l’environnement, de l’aménagement et du logement et des directions départementales des territoires proposent des formulaires simplifiés. Adaptés aux enjeux locaux des sites Natura 2000, ces documents non officiels sont à utiliser prioritairement. En effet, un examen par les services administratifs permet de savoir rapidement si les informations fournies sont satisfaisantes ou pas.

Porteurs de projet, n’hésitez pas à vous rapprocher des interlocuteurs territoriaux en charge de la politique Natura 2000 :

• direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et de la nature de votre région ou direction départementale des territoires et de la mer de votre département ;
• structure opératrice du ou des sites Natura 2000 potentiellement impactés par votre projet.

Pensez à consulter les documents d’objectifs du ou des sites, disponibles auprès des mairies situées dans le périmètre du ou des sites concernés.