Les ministère des Solidarités et de la Santé et de la Transition écologique annoncent la nomination d'un laboratoire national de référence pour harmoniser le système de surveillance du SARS-CoV-2 dans les eaux usées et les boues de station d'épuration

Le Vendredi 17 décembre 2021

La surveillance de la présence de SARS-CoV-2 dans les eaux usées est utile pour suivre la progression du virus dans la population. La Commission européenne a ainsi recommandé en mars dernier que chaque État membre se dote d’un système de surveillance du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. La Direction générale de la Santé et la Direction de l’Eau et de la Biodiversité ont nommé le laboratoire d’hydrologie de l’Anses comme laboratoire de référence pour la surveillance du SARS-CoV-2 dans les eaux usées et les boues de stations d’épuration. Il est notamment chargé d’harmoniser les méthodes utilisées pour détecter le virus et d’évaluer les capacités des laboratoires en charge de cette détection.

Dans le cadre de la gestion de crise Covid-19, l’intérêt de surveiller la circulation du SARS-CoV-2 a été souligné tant au niveau national (Comité Analyse, Recherche et Expertise COVID-19 (CARE), Académie Nationale de Médecine) qu’international (Commission européenne, Organisation Mondiale de la Santé). Cette surveillance pourrait venir en complément des outils déjà disponibles, notamment dans un contexte de faible circulation virale, pour détecter précocement les (ré) émergences du virus dans la population.

En France, plusieurs initiatives et projets de recherche ont vu le jour dès l’année 2020 dans les secteurs publics et privés. Ainsi, en avril 2020, l’Observatoire épidémiologique des eaux usées (OBEPINE), un regroupement d’équipes de recherche, a été créé sous l’impulsion du CARE, avec le soutien du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, et a bénéficié depuis d’un financement de l’Etat. D’autres entités sont également très actives dans ce domaine, parmi le secteur public (équipes de recherche, services d’incendie et de secours) et privé.

Les différents projets de surveillance en cours permettent d’établir et d’affiner les attendus du dispositif national sous pilotage de la Direction générale de la Santé et de la Direction de l’eau et de la biodiversité, tant en termes de couverture du territoire que de réactivité du système de surveillance et de robustesse des données, dans le cadre du projet SUM’EAU (Surveillance microbiologique des eaux usées).

168 stations sont actuellement prélevées deux fois par semaine et constituent une base de réflexion pour le dimensionnement d’un réseau de surveillance à des fins de santé publique. Cette étude d’Obepine est financée par la Direction Générale de la Santé depuis août 2021 et se poursuivra en 2022. Depuis avril 2021, les données produites sont en open data.

Afin de renforcer la qualité du système de surveillance et d’inclure l’indicateur SARS-CoV-2 dans les eaux usées dans l’arsenal d’outils disponibles pour suivre l’épidémie de la COVID-19, le laboratoire d’hydrologie de l’Anses a été nommé laboratoire de référence le 2 septembre 2021. Sa mission est d’assurer la fiabilité et la normalisation des données issues de la surveillance, en harmonisant les méthodes utilisées entre les différents acteurs impliqués. Il appuiera également Santé publique France dans l’élaboration des plans de surveillance.

A ce titre, et en réponse à une sollicitation de la Direction générale de la Santé, Santé publique France a élaboré un protocole de surveillance virologique du SARS-CoV-2 dans les eaux usées en France pour sa mise en œuvre au niveau du volet épidémiologique. Cette contribution propose un cadre pour faciliter l’interprétation et l’utilisation des données issues de la surveillance du virus dans les eaux usées en France dans un objectif de santé publique et d’aide à la gestion de crise.

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